27 września 1941 r. szef Głównego Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy (RSHA) SS-Obergruppenführer Reinhard Heydrich przejął władzę nad Protektoratem Czech i Moraw. Kilka dni po nominacji zwołał w Pradze konferencję, podczas której ogłosił, że w ciągu dwóch miesięcy zamierza „oczyścić” cały obszar pozostający pod jego jurysdykcją z Żydów. Jedną z pierwszych podjętych przez niego decyzji było utworzenie tzw. „getta tranzytowego dla Żydów”, z którego mieli być stopniowo ewakuowani na wschód. Wybrano miasto Theresienstadt (niem. Theresienstadt) położone około 60 kilometrów na północny zachód od Pragi. Znajdowało się tam stosunkowo wiele dużych XVIII-wiecznych austriackich koszar wojskowych, a także pobliska linia kolejowa, którą można było wykorzystać do transportu Żydów do i z getta.
Podczas konferencji w Wannsee, która odbyła się 20 stycznia 1942 r., omówiono „techniczne” aspekty realizacji programu „ostatecznego rozwiązania kwestii żydowskiej” i nakazano „przeszukanie Europy od zachodu do wschodu” w celu schwytania wszystkich Żydów, w szczególności na terytorium Rzeszy, w tym Protektoratu Czech i Moraw. W tym czasie Theresienstadt nosiło nazwę Altersghetto (getto dla osób starszych). Miasto miało służyć jako miejsce rzekomo „uprzywilejowanego” pobytu Żydów z Niemiec i Austrii – osób starszych, w szczególności weteranów I wojny światowej oraz osób znanych dzięki swojej działalności społecznej i kulturalnej. Niemieccy naziści uważali, że w ten sposób uspokoją międzynarodową opinię publiczną zaniepokojoną programem ewakuacji Żydów „na wschód”.
W czerwcu 1942 r. Niemcy zakończyli akcję wysiedlania mieszkańców Theresienstadt i od tego momentu miasto stało się ogromnym obozem-getto. Przez cały okres swojego funkcjonowania getto w Theresienstadt pełniło trzy podstawowe funkcje, które były komplementarne i wzajemnie powiązane: zbiorowy obóz dla Żydów deportowanych „na wschód”, miejsce eksterminacji poprzez głód i trudne warunki życia, ale służyło również celom propagandowym.
Początkowo do Theresienstadt kierowano Żydów z Czech i Moraw, a także z Niemiec i Austrii – były to w szczególności osoby znane i renomowane. Jednak już od kwietnia 1943 r. deportowano tu Żydów z Holandii, od października z Danii, pod koniec 1944 r. ze Słowacji, a od początku 1945 r. z Węgier. Łącznie do getta przywieziono około 140 tysięcy osób. Warto wspomnieć, że podczas akcji „ewakuacyjnych” do Theresienstadt przeprowadzanych przez III Rzeszę zastosowano bardzo cyniczną sztuczkę. Przed deportacją Żydzi byli zobowiązani do podpisania formularzy, w których musieli oświadczyć, że „zmieniają” miejsce zamieszkania. Zapewniano ich, że w zamian za porzucone mienie otrzymają odpowiednie zakwaterowanie w „getcie dla starców”. Dzięki takim działaniom Niemcy mogli przeprowadzić „legalną” wymianę nieruchomości. Jednak po przybyciu na miejsce okazywało się, że zakwaterowanie to łóżko piętrowe i dwa metry kwadratowe powierzchni baraku, w którym przed laty mieszkali austriaccy żołnierze.
Liczba osób uwięzionych w getcie w Theresienstadt stale rosła. We wrześniu 1942 r. osiągnęła ponad 53 tysiące. Warunki, w jakich mieli żyć, były tragiczne. W wyniku ogromnego przeludnienia szybko okazało się, że dostawy energii elektrycznej i wody są niewystarczające, wybuchały różne choroby, a głód w połączeniu z brakiem odpowiedniej opieki zdrowotnej powodował wysoką śmiertelność. W sumie w getcie zginęło ponad 33 tysiące osób, co oznacza, że zmarł prawie co czwarty więzień. Szczególnie bolesny jest fakt, że w getcie uwięziono również około 15 tysięcy dzieci. Więźniowie próbowali zapewnić im nieco lepsze warunki życia. Pospiesznie utworzono żłobki, które jednak nie uchroniły ich przed śmiercią.
Z około 140 tysięcy więźniów uwięzionych w Theresienstadt prawie 87 tysięcy zostało deportowanych na wschód. Nawet jeśli w Terezínie nie znano całej prawdy o losie deportowanych, pojęcie „transport” stało się synonimem horroru, cierpienia i śmierci.
Maszyna deportacyjna została uruchomiona w styczniu 1942 roku. Do połowy października ponad 42 tysiące Żydów z Theresienstadt zostało deportowanych na okupowane tereny Polski i byłej ZSRR. Transporty kierowano między innymi do Rygi, Izbicy, Lublina, Bełżca, Sobiboru, Treblinki, Małego Trostenca i Baranowicz pod Mińskiem, a także do innych miejsc. W kolejnych miesiącach transporty kierowano do Auschwitz. Od lutego 1943 r. deportacje zostały nieoczekiwanie wstrzymane na siedem miesięcy. Decyzja ta mogła być związana z sytuacją Niemiec w tym czasie, która po klęsce pod Stalingradem była postrzegana jako coraz bardziej niepewna.
Kiedy na początku 1943 r. Międzynarodowy Komitet Czerwonego Krzyża zwrócił się z prośbą o wysłanie delegacji z Berlina w celu przeprowadzenia inspekcji w getcie w Theresienstadt, naziści wyrazili na to zgodę i rozpoczęli akcję „rewitalizacji miasta”. Słowo „getto” zostało zastąpione terminem „żydowska strefa osadnicza” (Jüdisches Siedlungsgebiet), ulice otrzymały nowe nazwy, utworzono bank „żydowskiej samorządności” (der jüdischen Selbstverwaltung) i wprowadzono do obiegu walutę getta, tzw. ghettokrone. Władze niemieckie zgodziły się również na wysyłanie paczek z zagranicy do Theresienstadt, nie wspominając już o życiu kulturalnym. 28 czerwca 1943 r. funkcjonariusze Sipo-SD, wśród których był Adolf Eichmann, zorganizowali wycieczkę z przewodnikiem dla delegatów Niemieckiego Czerwonego Krzyża.
Wkrótce przeprowadzono jedną z największych akcji deportacyjnych do Auschwitz. Grupy SS zarządzające Theresienstadt domagały się wznowienia deportacji, argumentując to przeludnieniem getta i ryzykiem wybuchu epidemii tyfusu, który mógłby rozprzestrzenić się poza granice Protektoratu. Ważnym czynnikiem wpływającym na podjęcie tej decyzji był również fakt, że w warszawskim getcie wybuchło powstanie, a naziści chcieli uniknąć podobnej sytuacji w Theresienstadt. Dzięki deportacjom na wschód łatwo było osłabić potencjał oporu. W okresie od września 1943 r. do października 1944 r. do Auschwitz wysłano łącznie 18 transportów z 37 232 więźniami, w tym transport około tysiąca dzieci, które dotarły do Theresienstadt w sierpniu 1943 r. z Białegostoku. W tym czasie po getcie rozeszła się plotka, że mają oni zostać wymienieni za Niemców i prawdopodobnie wysłani do Palestyny. Po dwóch miesiącach wszyscy zostali przetransportowani do Auschwitz wraz ze swoimi opiekunami i zamordowani.
Po przybyciu do Auschwitz większość transportów podzieliła los Żydów przywiezionych z różnych krajów okupowanej Europy, tj. natychmiastową śmierć w komorach gazowych. Jednak w przypadku siedmiu transportów skierowanych do Auschwitz we wrześniu i grudniu 1943 r. oraz w maju 1944 r., obejmujących łącznie 17 420 osób, naziści zrezygnowali z procedury tzw. specjalnego traktowania (Sonderbehandlung). Z niejasnych powodów, które mogą być związane z wizytą przedstawicieli Międzynarodowego Komitetu Czerwonego Krzyża w Theresienstadt, osoby te nie zostały wysłane do komór gazowych, ale wraz z rodzinami skierowane do Birkenau, do sektora BIIb zwanego obozem rodzinnym dla Żydów z Theresienstadt – Familienlager Theresienstadt. Pozwolono im żyć, ale nie na długo – około sześciu miesięcy.
W czerwcu 1944 r. przedstawiciele Międzynarodowego Komitetu Czerwonego Krzyża przeprowadzili drugą inspekcję w Theresienstadt. Było to spowodowane sprawą deportacji kilkuset duńskich Żydów do tego getta w październiku 1943 r. Rząd duński wraz z przedstawicielami Duńskiego Czerwonego Krzyża zaczęli nalegać na wizytę w mieście, do którego deportowano ich obywateli. Adolf Eichmann ponownie dołożył wszelkich starań, aby „ożywić” miasto – trawniki zostały uprzątnięte, a park miejski, do tej pory niedostępny dla więźniów, zyskał nowy wygląd. Zainstalowano karuzele, plac zabaw i kilka obiektów sportowych. Wzdłuż drogi, którą mieli podążać inspektorzy, odnowiono fasady domów, wybrukowano ulice, a w domach trójpoziomowe prycze zastąpiono zwykłymi łóżkami. Zastosowano szereg sztuczek, aby ukryć rzeczywistość panującą w Theresienstadt. Podobnie jak w poprzednich przypadkach, strategia utrzymywania pozorów w połączeniu z postawą delegatów, którzy nie zadawali żadnych pytań, nie spowodowała żadnej reakcji potępiającej działania nazistów. Wręcz przeciwnie: inspektorzy potwierdzili, że Theresienstadt stanowiło ostateczne miejsce przeznaczenia dla Żydów, a istniejące warunki zakwaterowania były stosunkowo dobre.
